Возникли как лит.-краеведч. приложение к томской обл. газ «Красное знамя». Но вскоре Томская пис. организация взялась за выпуск этого изд. самостоятельно. Оно представляло собой 16-страничную газ. формата А-4, где печатались стихи, проза, фантастика томских писателей, статьи о лит-ре и иск-ве, публицистич. материалы, информация о культ. жизни Томска. Много места отводилась сиб. старине, краеведению. Ощутимо звучали мотивы православия. Газ. начала выходить в апреле 1990, но из-за нехватки бумаги, финансовых и проч. трудностей печаталась нерегулярно.
К середине 1990-х «Сиб. Афины» трансформировались из газ. лит.-краеведч. характера в лит.-худ. альманах, страницы которого предоставлены как состоявшимся сиб., томским прежде всего, писателям, так и молодым, начинающим. У совр. «Сиб. Афин» более ощутим именно литературный, а не историко-краеведч. уклон. Другим стало и полиграфич. исполнение. Нынешний альманах - это хорошо изд. и оформленный, с полноцветной обложкой ж. Бессменным ред. альманаха с момента его основания и до своей кончины (2007) являлся томский поэт А. Казанцев.
В 2000 и 2003 в Томске под названием «Сиб. Афины» проходили семинары молодых литераторов (см. Всесибирские семинары молодых писателей).